カオナシ日記

モントリオール・ひっつき出張（７）

20111016

#1
02:30
起床。

だから早いって。

いよいよ、本日帰国です。

とりあえず、メールチェックと科研費再開

#2
07:00
最後くらいきちんと朝ご飯が食いたくなったので散策。

eggspectation に入ってみる。

店内こじゃれた感じ

オムレツ食おうと思ったけど、目玉焼きに変更

うまし

ソーセージはイギリス風のパテっぽいやつだったけど。

うー、もうちょっと早く見つけてたら何回か来たのにな。

#3
07:50
そういえば最後にみておこうと Notre-Dame de Montréal Basilica に寄ってみる。

あれ？なんか人が入ってくけど、今の時間も中を見られるのかしら。

中に入ってうろうろすると皆さん席につかれている模様

とりあえず、座ってみる。

あ

あ

神父さんだ

あ

あ

ミサ始まっちゃった

礼拝なんて20年ぶりだ

聖書読んだり

歌ったり

ありがたいお話を聞いたり

また、歌ったり

おもいっきりフランス語でさっぱりわからん

聖歌隊だったので、せめて知ってる賛美歌なら日本語で歌ってやろうと思いつつも最後まで知らない歌だった

献金したあとで　皆さん席を立ち前の方へ

とりあえず、まわりをみて　真似する。

なんかみんな食べてるや

聖体か

ところで礼拝の途中で現地のおじさんがすごくうれしそうに握手して話しかけてきたけど

もちろんフランス語なのでさっぱりわからず

わざわざ遠くから礼拝にくるなんて熱心だねとか　なんとか　話しかけられてたのかもしれないけど

笑顔で乗り切りました

#4
09:00
さて１週間泊まったホテルを離れ、いよいよ帰国。

微妙にバスルームのドアノブが壊れてたりしたけど、会場に近いのはよかった。

タクシーに乗って、いざ空港へ。

#5
09:30
さくっとチェックイン、発券して搭乗ゲートへ。

デューティーフリーでもないのでお土産はかわず。

#6
11:00
まずはトロントへ。

#7
12:15
ドロのように眠り込んで気づいたらトロント。えんえん歩かされて国際線乗り継ぎへ。

どうも何度かおこされたらしい。完全寝不足です。

超高速動く歩道が新鮮。

#8
12:30
免税店でアイスワインを買い込む。お、お、重い。

#9
14:05
いざ離陸。

乗ってすぐに、飲みものと食事。

クラマトーとウオツカをいただき、ブラッディーマリー。

市場で買ったドライトマトとオリーブをおつまみに

食事はすき焼き丼風

さて、科研費再開

#10
15:00
うー　目がしょぼしょぼしてきた

ちょっと寝とくかな。

#11
20:30（10月17日　09:30）

うが！

すっかり爆睡した模様。

気づかぬうちに無事に日付変更線も超えました。

行きと同じくカップヌードルとハムとチーズのサンドイッチとビスケットをいただく。

うーん。体重が心配。

食後にコーヒーもいただく。

いよいよ後半分で東京です

#12
25:30（10月17日　14:30）
到着前の軽食。

オムレツとパン、メロン。

飲み物はトニックソーダ。

夕飯のこともあるので、パンは控えておく。

#13
27:10（10月17日　16:10）
成田到着。もちょいです。

#14
34:00（10月17日　23:00）
「日本海庄や」で久々の和食をいただき、無事帰還。

明日からはまた、日常です。

おやすみなさい。

モントリオール・ひっつき出張（６）

20111015

#1
03:00
起床。

早いって。

とりあえず、メールチェックと科研費再開

#2
06:30
地下鉄に乗って、再度 Jean-Talon へ。

さすがに７時前についたので、まだマーケットも開け始めたところ、それでも地元の人らしき人たちが、カフェで朝ご飯してたり。

７時〜８時がオープンだけど実際は９時〜７時ってところかな。

ようやく、熱々のサンドイッチを入手する。ハムとチーズとたっぷりマスタード。

うまし。

再度地下鉄に乗って、学会会場へ。

#3
08:00
Status and Prospects of Genetic Therapy for Major Mendelian Diseasesに参加

アンチセンスオリゴで筋ジストロフィーの治療ってのは確か３年前くらいの学会から聞き続けてるけど、トリプレット型の脊髄小脳変性症やらにも応用可能とのこと。

薬剤の反応性にファイブロとChIPってのはスタンダードな方法なのかしら

#4
10:30
Diseases, Populations and Evolution: From the Cellular to the Continentalに参加

ガンゲノム、インド人ゲノム、などなど

#5
12:30
google ストリートビューで確認しながらtwiiterで情報を仕入れたメープル屋さんに向かう。

あった

クッキーやら、マフィンやらも置いてある

悩んだけど、他の人が食べていたのがおいしそうだったので、ワッフルに

うまし

#6
13:30
いそいそと会場に戻って Copy Number Variants and Disease に参加

一番でかい会場なのに、最終日だからか数えるほどしかひとがいない。

NAHRが生存にプラスに働いていることってあると信じているけど　疾患じゃないときっちり調べようと思わないし、今のNGSじゃSDが増えてても気づかないよね。

#7
15:30
Mr.との待ち合わせがあるので、いったんホテルに戻って荷物を置いて　てぶら。

その後、会場にもどるも、なかなか現れず。

#8
16:30
携帯電話にメールを送っても返事がないので、いったんホテルに戻るとメールをしようとしていると Mr.登場。

どうも、反対側に車を止めたら　なかなか　入り口がみつからなかったらしい。

Mr.の車で待っていた会社の部下と合流してからおすすめのお店へ。

ついたのはレストランではなく、こじゃれたモールのようなところ

で、前回同様生カキ

うまし

で、これはあくまでも前菜らしく、夕飯はレストランに行こうとのお誘い

Mr. はホテルではなく、アパートを１週間借りたらしく、いったん車を置くためにアパートに移動

#9
18:00
どうも、モントリオールは土曜の夜は皆さんお出かけするらしく、なかなかレストランに予約ができない。

それでも、Mr.が断られたレストランのスタッフに別のおすすめの店を紹介してもらうという技で、４軒目でようやく予約完了。

そこそこ近くなので、歩いて移動。

ワインをいただきつつ、軽くシーフード

うまし

#10
20:00
店を出て、街を散策。ただ、途中から雨が強くなってきたので、喫茶店に移動。

で、ちびはにぃのことやら、研究のことやら、人を雇うときのコツやら　いろいろと

#11
21:00
地下鉄の入り口まで案内してもらい、再会を誓って　しばしの別れ

来年も会えるかな

#12
21:20
ホテルに到着、明日の出発の準備やら、またもやＫ先生と研究やらの話をして23:00に消灯

おやすみなさい

モントリオール・ひっつき出張（５）

20111014

#1
06:30
起床。

さすがに眠いので二度寝。

#2
09:30
シャワーを浴びて、昨日買ってきたプチトマトを山盛り食らう。さらにV8をボトル半分ほど。

トマトとり過ぎ。

いいかげんに飽きたので Tim Hortons はやめて持参したカップヌードルを食べて、いざ会場へ。

#3
10:30
One and the Same? Twins, Epigenetics and the Elucidation of Complex Genetic Traits and Diseasesに参加。

最初はエピジェネというより、双子のまめ知識みたいな感じ。

ホクロも相関があるとか　病気のかかりやすさとか

で、あとは発現解析やらなにやら

性的嗜好も関連あると言う発表でなるほどなと

#4
12:30
Fluidigm のランチョンセミナーへ
ごく微量でPCRできる装置とプライマーのキットなのかな。

454とPGMとHiSeq (MiSeq)に対応で１サンプル７ドルは魅力的かも。

ただ、装置の値段とプライマーの設計とか考えると微妙かしら。

RainDance よりは手を出しやすいかな

#5
ポスター発表

質問が５人ほど、日本人の知り合い３人。で計８人。

２人ほどガッツリ質問される。

１人は GTF2I ·関連の模様。連絡先聞いとけばよかったな。

と、ここでＡ先生に

「当たってましたね、名前がぐるぐる回ってましたよ」

と、告げられる。

すわ、 MiSeq かと思いきや、そちらはこのドイツ人にあたった模様。

で、これ

イルミナありがとう。

ちびはにぃのおもちゃだな。

#6
16:15
Statistical Genetics III: Analysis of Sequence Dataに参加

長寿（115才）の女の人のゲノムを読むってのが発想がシンプルで良かった。

あと、エクソーム解析の規模が数千人になってきて、いよいよGWASのかわりになるのかなと

#7
18:15
知り合いのＫ先生その２と会場で会ったので、夕食へに向かう。場所は初日のタクシーで食っとけと言われたSchwartz'sへ。

Ｋ先生２がおすすめを店員さんに聞くと「サンドウィッチ」とのこと

たのむ

でかい

でかいよ

また肉だよ

しかも、オススメのチェリーコークが激甘の上に、これでもかというほどの人工的なフレーバーで、口の中に香水を入れた感じでぐったり。

それでも完食

#8
20:00
タクシーを捕まえてホテルに帰還。科研費再開。

#9
24:00
おやすみなさい

モントリオール・ひっつき出張（４）

20111013

#1
02:00
起床。

はええよwww

　起きてしまったのはしょうがないので、メールチェック、今日のスケジュールのチェックをした後はベッドでひたすら科研費申請書を進める。

#2
07:00
焼けるほど熱くしたシャワーを浴びて、V8を飲み干してから会場へ。朝ご飯が憂鬱。スクランブルエッグとか食べたいのにな。

で、結局、またTim Hortons

一応メニューを変えようと思って今日はなんか包んであるやつにしてみる。注文の仕組みがいまいちよくわからずいると。

「ベーコン、ハム、ソーセージ」

と言われたので「じゃあそれで」と答えると、どれか選べと不機嫌そうな顔で言われ、朝からげんなり

とりあえず、ベーコンに卵とチーズを足してもらう。

コーヒー含めて三ドルほど。

#3
08:00
Neurogenetic Pathways Underlying Speech and Language Disordersに参加。

自分の研究とは直接関係ないが、やはり娘が会話にハンディキャップがあるので、一生懸命聞く。

中心はFOXP2の話

結構何度か聞いてる話だけど、鳥のさえずりやら、マウスの鳴き声やら、に種を超えて関連してるのと、サブファンクショナリゼーションのことを考えると興味深い。

#4
10:20
会場の変更なしでEvolutionary Geneticsに参加

出アフリカからの話とか、ネアンデルタールとか、霊長類でのABO血液型の話とか。

#5
12:30
本日のランチョンはアジレントに参加。

発表はSureSelect 50Mを使ったエクソーム解析とアレイの解析

SNPsアレイで一気にCNVもみれるってのはいいね。

ふが、SureSelect V.5とかでてる。でもUTRの解析パイプラインとかどうしよう。ターゲットも70Mbか。ちょっとGAII１レーンだと厳しいかな

帰りにマグカップをもらってポスターへ。

#6
14:00
ポスター会場を、また端から端まで見て回る。

エクソームとSegmental Duplicationを中心にMiSeqやらIon Torrentやらの

会場が広いのでぐったり。

#7
16:15
Current and Emerging Sequencing Technologies: Changing the Practice of Medical Genetics

全エクソン解析と全ゲノム解析のもたらす影響とかなにやらとか

科研費申請書にも記載項目があるけど、やはりエッジな研究をしている僕らは技術をわかりやすく伝える義務があるのだなと思いつつも、具体的には講義くらいしかできてないなぁ。

#8
18:30
Ｏ先生と合流して、Jean talon marketへ。Ｙ先生は体調不良なので可能なら後で合流。

地下鉄の３日間パスを購入して、Jean talon駅まで移動。10分ほど。

５分ほど歩いて到着。20時までのはずが19時ですでに閉店ばかり。かなり残念。

それでもウロウロして、果物やら、

トマトやら

悔しいので明日リベンジしよう。

漬け物屋さんがあったので、ドライトマトのオリーブ浸けと、アンティチョークのオリーブ浸け、チーズが詰めてあるオリーブを購入。18ドル。

#9
店舗型の八百屋によって、V8のボトルを購入。３ドルちょっと。

Ｏ先生がザクロに興味津々なので店長のおっさんにいいやつを選んでもらおうとするも、

「全部食い時」

とのお答え、食べ方も指導していただく。上を丸く切って、あとは剥けと。

で、わかった？っと聞かれたので「イエス、イエス」とＯ先生が返答すると

「すぐイエスっていっちゃだめ」
って

#10
20:00
さすがに、肉ばっかりなので、八百屋の店長にシーフードの店がないか聞くと、すぐ角にピザ屋があるとのこと。早速移動。

まずはスプマンテで乾杯。

あとはイカのフリッター

ピザ

と、ようやくＹ先生からメールが来るも、なかなか登場せず。

#11
21:30
ここで、ようやくＹ先生登場。小児救急の話やら、脳症の話やら。研究の話やら。

メインディッシュのスズキをいただき、仕上げにエスプレッソとカフェオレをいただき、ごちそうさま。

帰り際に、まだ開いているお店があったので、プチトマトを山盛り購入。３ドル。安い。

地下鉄の駅まで歩いて、さて帰ろう。

#11
23:00
ホテルに戻ってＫ先生と昔話やら、来年度の方針やら何やらを色々と相談。

マーケットで購入したドライトマトとオリーブをおつまみにワインをいただく。

えっと何時かな。

28:30

28:30？

ふが！

寝ます。

おやすみなさい。

モントリオール・ひっつき出張（３）

20111012

#1
05:30
起床。学会２日目。メールをやっつけてからシャワーを浴びて、V8を流し込んでから朝ご飯の場所を探す旅に出る。
残念ながらスタバとTim Hortonsしか見つからず。
あきらめてマフィンとポテトとブラックコーヒー。

#2
08:00
最初のセッションはエピジェネティクス。自分の研究と直に関わってないセッションに出るといかに自分の勉強が足りないか痛感する。

#3
09:40
うー。エクソーム解析でmiRNAの変異をリストアップはできるけど、リスクの判定はどないすればいいのやら。

#4
10:20
いつものように会場にコーヒーがあるがどこもからっぽ。あきらめて５階にあがるとどこもかしこもたっぷり。昨日みたいだ。

#5
10:30
Genetic Instability in Development, Aging and Cancerに参加。

ダブルストランドブレークやら何やら。あとはテロメアがらみ。

#6
12:45
イルミナのMiSeqのランチョンセミナーに参加。

1.8 Gb／１ラン

ペアエンド150bpが基本だけど、シングル300bpもできるよ。

400弱のアンプリコン　で　96検体　もできるよ

解析はGUIでできるよ「はやり」のクラウドだよ

ぐいぐいくるなあ

ただ、ちょっと気になったのが、最初のプレゼンではmRNA-seqが入ってたのに、その後の２つではバクテリアのde novo、リシークエンシングとアンプリコンだけになったこと

確認必要。

#7
14:00
会場でMiSeqの申し込みカードとTシャツをもらいイルミナのブースに移動。

Ｋ先生と一緒に言われた通りにＴシャツを着ていったが、皆あまり着ていない。

こんな

うしろ

MiSeqあたりますように　 (￣人￣)

#8
その後ポスター会場に移動。エクソームを中心にsegmental duplicationとバリエーション関連を回る。いろいろ収穫があったが、エクソン１が読めねーよってのは共通の問題。だけど、

エクソン１だけのカスタムシュア　と　mRNA-seq　の両方を足す！

ってのは、まだ金額を考えるとやり過ぎかなと。もうちょっとSureSelectが安くなればルーチンでできるかな。

難解読領域　SureSelect　スモールパック　30万

とか出てきたら、MiSeqと組み合わせれば、結構アリかも。

企業ブースをうろうろしているとMr.に再会。

しばし近況の話をして、今回も食事に行こうと約束。土曜の夕飯なり。

#9
16:15
Genomics I: Structural Variationに参加。

昨日も10%の論文でSNP表記のストランドが間違ってるとかあったけれど、データベースのコンファームが結構問題だ。dbSNPsにもおかしなデータたくさんあるしね。

ツールはほぼ bwa --> GATK/samtools　に決まってきたけどミスアライメントで出てきた疑似新規SNPsの処理が必須よね。まだまだこの辺りのlocal re-alignmentと補正のツールが足りない感じ。

あと、vcf も構造多型に対応したけど、実際の解析担当としては構造異常の自動化は結構難儀だ。

エクソームのデータからCNVを検出
　ってのもいくつか見かけたけど、自分でやるとしたら1KGのデータで補正かけていいのやら悩みどころ

#10
18:15
午後のセッション終了。今日の夕飯は会場内のサブウェイでを購入。

なんか　signature　のチーズステーキってのにしたら８ドルもした。

と、後ろで

「６番のサンドイッチをくれ（日本語）」

「サイズは６インチのやつ（日本語）」

とガッツリ日本語で注文している方を発見。

店員がいくら英語で聞き直しても日本語の返答。

それでも結局何かしらは手に入れた模様。

スーツ着てバッジをしていたので学会参加者の研究者か臨床の先生と思うが、英語をまったく使おうとしないところがなんとも。

入国の時も日本語で押し通したのかしら？

#11
部屋に戻って、しばし科研費。あまりの眠気に今日は早々と店じまい。
20:30消灯。

おやすみなさい。

モントリオール・ひっつき出張（２）

20111011

#1
06:30
学会１日目。メールをやっつけてからシャワーを浴びてK先生とエクソーム解析のサテライトミーティングへ。
途中で朝ご飯の場所を探すもいい店がみつからず、なんかカナダ版マックみたいな店（Tim Hortons）に。

#2
8:00
腹もくちたので、てくてく会場のホテルに移動。

結構な人数。200人はいそう。なんとか当日レジストレーションをすませる。

#3
8:30
スタート。これ以上ないほどガッツリエクソームと思いきや、すでにその段階はすぎていて、Non-codingどうするの？とか、プロモーターどうすんの？とか、エクソームのデータを補正してCNVを検出したりとか。

#4
10:35
コーヒーブレークはたぶん来場者数の見込み違い。なかなかコーヒーまでたどり着かず。結構なフィーをとってるので主催者かなり収入になったんじゃなかろうか。

#5
しかし、ほんとに次世代で診断とかも考えなきゃいけないよね。

#6
13:00
ランチ。

そこそこ。

その後もエクソームの話が続いて終了。

さて本ミーティングのオープニング行かなきゃ。埼玉の先生と合流して、コンベンションセンターまでしばしディスカッション。

#7
16:00
プログラムを受け取るだけ、あぁとうとうカバンなくなっちゃった。

会場はきれい

会場をふらふらしながらオープニングセレモニーへ。なんかサーカス出てきたし。いや、ひさびさにサーカスみたわ。

#8
17:00
パネルディスカッション。全員、自分のゲノムを公開した人。ワトソン歳くったなぁ。83歳か。

#9
18:30
会場を移って、フリードリンクを一杯いただく。列に並んで10分近く待ったが、別のカウンターはガラガラ。

その後はＫ先生、Ｏ先生、Ｙ先生と一緒に昨日タクシーの運ちゃんに教えてもらったステーキ屋に移動。

#10
19:00
ほどなく到着。Tボーンステーキが１つしかないというトラブルに見舞われるもおいしくいただく。

日本のお肉と違って脂身が少ないので「ザ・肉」な感じ。

Tボーンのヒレ部分だけのやつ

#11
22:00
帰りは歩きで、ホテルまで。途中のスーパーで飲み物を査収。

#12
25:00
科研費申請書もそうそうにおやすみなさい。

モントリオール・ひっつき出張（１）

20111010

#1
07:30
いよいよカナダ。

毎年恒例のASHGですが、今回はICHGとの共同開催なのでカナダです。

スーツケースを転がして、家の近くのコンビニから駅までタクシー

駅のスープストックトーキョーでお昼を食べて、はにぃ、ちびはにぃと別れを告げて　いざ出発。

#2
15:50
電車を乗り継ぎ、久々の成田空港。いつもの三菱でカナダドルに両替です。

ただ、チップ用に小額紙幣をもらうと思ったら最低額面が10ドル。１ドル紙幣はないらしい。

と、Ｏ先生から電話。場所を伝えて無事にＯ先生、Ｙ先生とも合流し、エアカナダのチェックインへ移動。

混んでる

混んでるよ

予想以上の混みっぷりに少々しょげる。

セキュリティも激混み。

ほうほうのていで　ようやく　出国審査。　すでに時間もぎりぎりなので、すぐにゲートに向かう。

#3
18:00
何やら機体のチェックに時間がかかり、予定を少し超えて、いざ出発。しばし日本とお別れです。

おとなりは日本人のご夫婦。

#4
18:30
エコノミーにもそこそこでかい画面がついてるけど　基本、英語とフランス語だけ

おとなりのご夫婦も日本語の映画がなくて残念がってる。

離陸してすぐに、食事　お隣さんは英語がわからないらしく　通訳してみる。

牛肉のシチューをいただく

#5
24:30
今回はがっつり科研費とかぶっているので、あまり映画もみずに　ひたすら書き物。

途中　メイド　イン　カナダのカップヌードルがでるも、微妙な味

#6
30:00（17:00）
到着前にオムレツをいただき、無事にトロントに到着。

と

ドガッ！！

頭に激痛が走ります。

何事かと思いきや、どうも前の席のおっさんが荷物をとるときに僕の頭に落とした模様。

感じからすると一眼レフかなんかそれ系のごっついやつ

ソーリーじゃねぇ

とりあえず気をとりなおして、入国審査へ

#7
30:30（17:30）

入国審査な長い列に並んでいると、乗り継はショートカットできる模様。

アメリカと違い、同行者であれば一緒に審査してもらえそうなので、Ｙ先生と一緒に審査

「どこから来たの？」

「日本の東京」

「遺伝子の学会に一週間参加でしょ。知ってるのよ」

「そうそう」

「カナダへようこそ」

あっというま。今回は問題なし。

#8
32;00（19:00）
さてさて、モントリオールまで　もうひとがんばり

もう一度セキュリティチェックをして、小さめの機体に乗り込み　特に問題なく出発。

ただ、前の席のおばちゃんは　どうもオーバーブッキングの模様

さわぎすぎ

#9
33;00（20:00）
無事にモントリオールに到着。

空港はみたことがないほどの激混み

まただ

まただよ

タクシーにいつ乗れるかわからないので、なんとかシェアして乗り込み、ホテルへ移動

#10
35:00（22:00）
Ｋ先生と合流し、ホテルにチェックイン。

こばらがすいたので、違うホテルのＯ先生、Ｙ先生と合流して、どこかへ行くことに

両先生にはこちらに向かってもらう。

#11
36:00（23:00）

こない

こないよ

心配になって電話すると　迷っていた模様。なんとか合流して、タクシーに乗り込み　Ｏ先生がiPadで調べてくれたジャズバーへ向かう

#12
36:30（23:30）

やってねぇ！

たしかに深夜2時くらいまでやっているはずなのに思いっきりしまってます。

しょうがないのでタクシーを再度つかまえる。

同じ運ちゃんじゃねぇか

目的の店が閉まってた話をして、どこでもいいので開いてる店に連れて行ってもらう。

運ちゃんおすすめの24時間やってるレストラン

肉

肉だ。

４人で２人前を注文してシェアする。

ビールも２杯いただき　おなかいっぱい。

#13
37:00（26:00）
無事にホテルに帰還。さぁ明日から学会だ。

おやすみなさい

脳症３３：しゃべる

あれから２年

５月２２日：回復期（第７３２病日）

あれから２年もたったんだねぇ。

お父さん、お母さんもわからないかも。　ご飯も食べられないかも。　あるけないかも。

そう言われ　文献を調べると　やはり二語文以上は難しく　ちびはにぃと話をすることはできないかな　と思いました。

ずいぶんと元気になりました。

しゃべり続けて　うるさいくらいです。

はにぃの記事をみていただければわかりやすいので簡単に。

ちっちゃなくまちゃんで　おままごとをするようになりました。

ウソもつくし　イタズラもします。

けど　やはり　バランスが悪いのかすぐにころびます。

慣れている人でないと何を言ってるか　なかなか　わかりません

右手の使い方は　かなり　クセがあります。

それでも　なかなか　本人は　楽しそうです。

イチゴが赤くなると教えてくれます。

もんも　の散歩もしてくれます。

これからもよろしく。

あぁ　でも　ちょっと　ふとりすぎだ。

ワシントン・ひっつき出張（６）

20101107

#1
いよいよ帰国。荷物を片付け、忘れ物をチェックし、ホテルを後に。

ラウンジに置いてある水がライムが効いてておいしかったなぁ。

#2
ワシントン・ダレス空港でチェックイン、ANAなので日本語でらくちんだなぁ。スーツケースの重さを量った後、ずるずる別の場所に持っていって預ける。

#3
乗り込み口までは地下鉄で移動。

相変わらず小物が多いので苦労しつつもセキュリティチェックを通っていざゲートへ。

#4
さて、出発まで時間があるので朝食やらお土産やら

最後のアメリカご飯はバッファローバーガー。
チーズとベーコンを追加して、さらにポテトと目玉焼き２つ。

Ｏ先生は１ポンドバーガー。

めっさでかい。

お土産に石の食器やら、酒やら、アメリカスナックやら購入し、いざ帰国。

#5
機内ではあいかわらず映画をちょっと見た後はお勉強。

#6
20101108 15:00
１週間ぶりに日本。スーツケースを宅急便で送る手配をして、成田エクスプレスと在来線にて帰宅。
お夕飯は鍋焼きうどん。

#7
21:00
おやすみなさい

ワシントン・ひっつき出張（５）

20101106

#1
07:00
さて、学会最終日。朝ご飯にいつものお店に行くも土日は休み。ざんねん。
しょうがないのでスタバで適当に。

#2
08:30
アワードを聞いてから、どちらも聞きたかったのでコピーナンバーバリエーションのセッションに最初に参加し、次世代シーケンサーのセッションに移動。

iPS細胞で平均５カ所もアミノ酸置換が起きてるという発表がちょっとショックだ。

#3
12:00
つづいてフランシス・コリンズの特別講演。
なんだかすっかりやせちゃったな。激務なのかな。なんだかコールドスプリングハーバーでギターを弾いてたのが懐かしいや。

#4
13:00
学会終了。飛行機は明日の朝なので、今日の午後はフリーです。とりあえずお昼を食べにいくことに。
本日のお昼はマレーシア料理。レストラン街についたのが14時をすぎてたのですっかりランチタイムを逃し、なかなか開いてる店がみつかりませんでした。

同行しているＫ先生のアメリカ留学時代の話を聞きながら鶏肉の甘辛焼きやら、カレーやら、チャーハンやら、トムヤムクン風スープやら。
なんか久々に旨味の味がする食べ物をたべたような。

#5
つづいてスミソニアン博物館へ
アノマロカリスーーーー

ティラノー

月の石ー

その他ありとあらゆる生き物の骨とか

もうねほれぼれするようないろんな石とか

#6
17:30
閉館になったのでホテルに戻り、Ｏ先生のご希望のステーキハウスを予約しようと電話をするもなかなか開いてるところが見つからず。それでもなんとか19時に予約できたのでタクシーで移動。

ご希望通りがっつりでかい肉

ワインを飲んで、デザートも食って。おなかパンパン。

#7
21:00
ホテルに戻り、今回の学会で同行した先生方と部屋で軽くのむ。明日はいよいよ帰国です。
サマータイム終了なので１時間のびます。部屋にも張り紙がありました。

おやすみなさい

　

ワシントン・ひっつき出張（４）

20101105

#1
04:00
ふと、目が覚めると同室のO先生がすでに仕事を開始中。いやぁ臨床の先生ってやっぱすげぇな。

#2
04:30
コーヒーを入れて、メールチェック。共同研究の先生に頼まれたいた質問の返答をガガっと書いて送る。

#3
05:30
O先生、ホテルにジムに行ってくるらしい。すげぇ、すげぇ体力だな。

#4
07:00
シャワーを浴びて、いつものお店で朝ご飯。

微妙に顔見知りな感じ。

今日はステーキ、２エッグ、チーズのサンドイッチ。朝からがっつり。

#5
08:00
セッション参加。レアバリアントをどう処理するか、次世代の処理能力がふえたのはいいし、実際に変異も同定できてるし、それこそGWASもどきを次世代でもできるようになるんだろうし。
もっとがんばらないとなぁ。

#6
10:30
ポスター参加、いろいろとお話を聞いたり何だり。あぁ、もうやること盛りだくさんだ。

#7
13:00
昨日の夜に電話をかけたが、つながらなかったよと残念がられつつも、時間を割いてもらい旧知のMr.とお昼を一緒にすることにする。

シーフードとワイン。ワインは昼間からがっつり白と赤。

#8
14:00
セッション参加。ちょっと専門からはずれた内容が続くのでひたすら勉強。

#9
19:00
本日も終了。なかなかみっちりスケジュールの詰まった学会です。

#10
19:30
O先生が予約してくれたおすすめシーフードのお店にタクシーで移動。

まずはオイスターをカバでいただく。

ピノグリを頼んでメインのロブスター

見たことないくらい大きかったです。

さらにサーモンのグリルをいただき、エスプレッソをガっと飲んで終了。お腹いっぱいです。

しかし、担当の兄ちゃんが動きが悪く、タイミングが微妙。オーダー忘れたりするし。いやおいしかったんですけどね。

#11
23:00
無事に帰還。おやすみなさい。

ワシントン・ひっつき出張（３）

20101104

#1
07:00
シャワーをざかざか浴びて出発。あ、雨だ

昨日と同じお店で本日はブリトー。

結構うまい。

#2
08:00
まずは最初のセッション。全ゲノム解析やらミトコンドリアやらY染色体やらの解析で人類史などの発表。ちょっとこなれた感もあり、新しい発見とか言う感じではない。ただ、今後1000genomesやらさらに次の1Mgenomesやらになるともっと詳細な人類史がわかるのかしらと。

#3
10:30
続いてvariationのセッション。もうね、なんか対象が15,000人とかになってきて、なにがなにやらと。ただ、やはり、シーケンシングエラーとrare variantの判別の問題は残ってる感じ。

#4
12:30
知り合いの先生に紹介してもらったGalaxyのAntonと待ち合わせ。セミナーが控えてるのでまたあとでという約束。

#5
13:00
イルミナのランチョンセミナーに参加。イルミナの人に「次世代じゃなくてアレイの発表ですけど」、と念押しされたが、次世代とアレイの統合なんて話になってて逆に勉強になった。うー、アレイも1000genomesでバリデーションも進んでるし、やらないとあかんかなぁ。

#6
14:00
Antonと再合流。うちのパイプラインの説明と現在の課題の相談。パイプラインはちょっとだけコメントもらったが、課題は確かに解決はむずかしいとのこと。まぁそれがわかっただけでも収穫はあったかな。

#7
15:00
Awardと悩んだ末にポスターを早めに見て回ることに。さすがに3,000もポスターがあるとざっとみるだけで足が棒に。

#8
17:00
ポスターセッション開始、とりあえず次世代のを中心にこまごま回る。まぁうちのパイプラインもそこそこいい出来になってるけど、まだまだ改良点はあるなぁと。

#9
19:00
懐かしいMr.に再会。そうだ、前にあったときもASHGだったなぁと。連絡がとれれば今日か明日話そうと約束して電話番号を教えておく。

#10
19:30
旧知の宮崎の先生から電話。ちょっと飲もうかと。いろいろとPIの大変さとか、今後の身の振り方とかいろいろ話したり。ラボの運営は大変だなぁと。

#11
22:00
Mr.から電話こなかったな。今日はへろへろ。おやすみなさい。

ワシントン・ひっつき出張（２）

20101103

#1
07:00
じゃかじゃかシャワーを浴びて、いざ学会へ

その前に腹ごしらえ

コーヒーと目玉焼き、ベーコンとパン。いかにもなアメリカご飯

#2
8:00
まずはゲノムワイドの研究のもろもろへの影響。いろんなアンケートをとったりなんなり。
この辺、日本だとどうなんだろ。特定ゲノムでアンケートとってたなとか思い出したり。

#3
10:30
ド本命の次世代とかの解析。席を探してうろうろしていたら知り合いの先生にお会いしたのでとなりに座ってみたり。

もうね、全ゲノム解析が当たり前ですよ。1000genomesプロジェクトの話がつぎつぎと。

#4
13:00
お昼はPacific Bioのランチョンセミナー。あれかなヒトゲノムが数分で読めますはやめたのかなと。

最後の質問もごにょごにょしてたし。

まぁ、でも固定するのはべつにポリメラーゼじゃなくちゃ行けない訳じゃないんだなと感心したり。

#5
14:30
Plenary Sessionをひたすら聞く。RNA editingってほんとにそんなにおこってんのかな。ほんとにエラーじゃないのかな。

Whole exomeのカブキ症候群。　むーん。

ていうか会場広すぎ

#6
17:00
ポスターセッションで発表。日本人の知り合いの先生も来るが、意外と外人さんも来る。

もっと英語がはなせればなぁ。

#7
19:00
１時間のはずが意外とお客さんが来て、結構充実した発表。結構へとへとになって、ホテルに戻る。

#8
20:00
O先生とイルミナのイベントに参加、軽食とドリンク。
会場でガンゲノムをやっている先生を紹介されて、いろいろお話。

もうすこし、他の人と話してもよかったかなぁと思いつつも小一時間ほどで退散。

22:00
O先生に解析のやり方とかをちょろちょろ教えて本日は終了。おやすみなさい。

ワシントン・ひっつき出張（１）

20101102

#1
05:00
さて、今年も出張の季節。科研費申請は自分のはなく、手伝いも無事に終了したので勉強に専念できます。
例年この学会は同じラボの人か、最悪単独で参加してきたけれども、今回は事前のリサーチが功を制し小児科の先生方に同行できることに

　なので　ひっつき出張

特に一人で泊まろうがツインかダブルの部屋になって高いお金をとられることが多いので、同室の先生がいるのは大変助かります。

ということで１週間ほど出張です。

事前にスーツケースの用意はしていたので、最後にじゃかじゃか小物を突っ込んで出発。

#2
06:04
今年は離陸時間が早いので初めて地元の駅から成田エクスプレスに乗ってみる。

おぉ、快適。

乗り換えでスーツケースを持って歩かなくていいし、時間が決まっているのでバスより安心です。

#3
08:00
きちんと到着。

がらがらスーツケースを引いて出発ロビーへ。

ラウンジに荷物を預けてから東京三菱で30Kほど米ドルに換金し、ラウンジにもどる。コーヒーなどをいただいてみる。

#4
08:40
同室予定のO先生から電話連絡。無事に到着した模様。合流し、O先生の換金をまってからチェックイン。いざ出国です。

間違って最初北ウィングに行ってしまったが、無事にANAのカウンターに到着。

なんかもう、電子化がすごいね。パスポートをなにやら機械に通すだけでチケットがでてくる。

スーツケースを預けてしまえば身軽です。

#5
09:00
セキュリティも出国手続きも終えたので、時間もあるしラウンジへ。

うが、結構ANAの搭乗口と離れてるや。

それでも例の生ビール注ぎ器やら、温かいサンドイッチやらをいただきながらO先生に研究の話を聞いたりなんだり。

#6
10:40
そろそろということで、搭乗口に移動。一緒に行く、他の小児科の先生方と合流し、いざ登場。ここでもパスポートだけで乗れる。

#7
11:10
離陸。最近の機内システムはすげぇな。なんかHEROESシーズン１全部とか入ってるし、映画もたっぷり。吹き替えばかりなのが残念だけど。

インセプションやらソルトやらを見て、あとは論文読んだり、スライド作ったり。

体がでかいのでエコノミークラス症候群対策に１時間おきにうろちょろして、ストレッチ。

食事は出発後すぐと、到着前。さすがANA。うまし。帰りはどうかな。

機内で以前共同研究していたＳ先生とばったり。近況報告などしたり。

#8
23:50 (10:50)
無事にワシントンD.C.に到着。いよいよイミグレーションです。

が

が

が

全然進まん。

まぁいつもの通り係員のやる気はないんだけど、それにしても人が少なすぎる。

待っても待っても進まず。

結局１時間近く待って、ようやく自分の番。

さて、今回はすでにおっさんが何の係かわからんおねーちゃんとずっとくっちゃべってる。

ちらって見て

目的はー（英語）

ミーティング（カタカナ英語）

何のミーティング？（英語）

アメリカのアカデミックな学会で遺伝学とかそういうの（カタカナ英語）

無言で指紋取り機を指差すので、右手の指の指紋をとる。

このあいだずっと係員はねーちゃんと、

　毎日毎日こんなことばっかやらせれてよぉ、　こいつら同じことしかいわねぇし　いつまでですかー？　２週間です　いくら持ってますかー？　30ドルです　とかよ、30ドルで２週間どうすんだよ！

とかしゃべっててこちらを見ようともしない。

そりゃ進まんわ。

で、ようやく入国審査を終えたのが12時過ぎ。こんなのはさすがに初めてです。

#9
25:00 (12:00)
小児科の先生方と機内で合流したＳ先生と６名でホテルへ移動。

#10
26:00 (13:00)
自己紹介やら研究の話やら、O先生のiPhoneをWifiでネットにつなげたりとか。しつつ無事に到着。レストランを21時に予約していたので20時半にロビーで合流を約束して各自チェックイン。

フィリピン出身の気さくなおばさんに対応してもらい、カードキーをもらって10階へ

おぉ、結構いい部屋だ

O先生は準備してからと言われたので、ひとりでレジストレーションへ

#11
27:00 (14:00)
黒人のおっちゃんに送られてきた書類を渡していつものようにバッグとその他のプログラム集をもらって、プラプラ会場をうろつきながら最初のセッションに参加。

ひろいな

リファレンス配列のアップデートのセッションだったけど、なんだかしばらくヒトゲノムから離れてたなぁという実感。

CNVやらもでてきたし、次世代のデータやらもあるし、とにかく全部見直そうという動き。

なんか自分ができることあるかなぁ

#12
33:00 (17:00)
つづいてDistinguished Speaker's シンポジウム。エリックランダーあいかわらずおもろいな。

内容はひろく浅く。

初日にちょうどよかった。

#13
33:30 (20:30)
ロビーで集合して、いざレストランへ。タクシーでちょっと詰め込まれたのが.......

こんなとこ
JAREO

予約は21時15分だったが、すぐに広い席を準備してもらえた　　　　のだけど席が非常口の近くで、しかも店外の席を片付けたりしたりで従業員が出入りして結構寒い。

さらに、従業員のおっさんがIDがないとアルコール出せないとのこと。

同行した先生の奥様がパスポートをもっておらず、日本の免許証もダメ。申し訳ないことをしちゃいました。

一緒にいた大学院生は出さなくてもオッケーって　基準がわからん。　ヒゲか？

料理はなかなかおいしい

サングリアを飲んで、生ハムやら、エビのなんかやら、ソーセージやら、イカのフリッターやら、タパスを８個ほど、

さらにパエリア２皿

うまし

#14
35:00 (22:00)
おなかいっぱいで帰りは腹ごなしに徒歩でホテルまで。途中で叫んでるでかい黒人がいたのが少々怖かったです。

#15
37:00 (24:00)
メールチェックやらしていると、昨日ラボミーティングで中間報告をした共同研究先の先生から質問メール。来週の月曜に答えねばならないらしい。文案を考えているうちに睡魔におそわれる。

おやすみなさい。

次世代シーケンサーデータ解析　short read micro re-aligner

次世代シーケンサーのデータをConsedで扱うのに奮闘していたのが去年の秋

もうすぐ１年経つのだな

 Davidの話だと次のConsed20ではデータ構造もphdballから一気に変更して次世代完全対応を狙っているようだが、現時点で全ゲノム解析ではConsed19では対応は不可能だ。

ということでどれを使っているかというと、結局無難なbwa

Consedの次にMaq、bowtieと試したがとりあえずはbwa/bowtie/novoの３つで変異の抽出までやってからフィルターをかけることで落ち着いた。

構造解析ではガッツリ厳しいパラメーターで、変異探索はゆるめの２回が基本になりそう。

1000genomesもMaqからbwaに落ち着いたようなので当面はbwaかな

ということで

bwa/bowtie/novo --> samtools --> SIFT

で目的は果たしているが、苦戦しているのがindelのローカルアライメント

変異よりもgapのペナルティーのほうが厳しくせざるを得ないのでshort readのアライメントはindelが厳しい

そこでMultiple Sequence Alignment (MSA) を狭い領域でやる手法があるのだが、これに苦戦

PicardもGenome Analysis Toolkitも一通り立ち上げたが、どうもおかしい

samtoolsよりもGATKのほうがフォーマットに厳しく、特にbwaの0処理のバグを許さない

そこでbwaのアライメントのバグデータを取り除いてsamの状態でsortしてからbamに変換

しかも一旦sortしてもGATK IntervalCleanerが名前順にsortするので、結局samtoolsでまたsortのやり直し

そこまで苦労しても出てくるのが上の図、明らかにlocal alignment がうまくいっていない

どうも、どこかの落とし穴にはまっているらしいが、情報が少ないので解決できず

hg19が問題なのかインデックスが問題なのか不明

一方でSRMAもbwa/samtoolsで出てきたファイルを許容しないので、ゴリゴリ汚いデータを処理してからかけるがどうも上手くない

結局32GBのメモリ程度だと全ゲノムに対応しきれないらしい。１番染色体の途中でheap errorで落ちる

領域ごとにぶった切って処理して回収という案も考えたが、ルーチン化するには処理が面倒なので、こちらも頓挫

土日もがんばったのに結局うまくいかず

しょげるなぁ

ひさびさのお掃除

ひさびさミドリフグ。

えーーーーっと。前回の掃除が11月末なので9ヶ月水換え、掃除せず。その間は減った分の水と塩を足す程度。

途中歯がのびすぎたので歯きり１回。それくらい。
がんばって20Lの換水とコケ取りとスキマー掃除

とりあえずケヤリは元気

他はずいぶん減った。

【同居人】
　ケヤリ x １
　マガキ貝 x １
　
また、貝類追加しなきゃ。

超マック

なにやら届きました。

国内外問わず学会に行くときに重要なのが電源の確保。

特に最近は学会会場で無線LANが開通しているところもあるので、席を確保する際に電源タップが近くにあるかどうかが重要だ。

しかし、そうは言ってもなかなか毎回とれる訳でもなく、電車の中で発表用のスライドをいじくることもしばしばある。

昔のマックなら純正のバッテリーを持っていけたが、MacBook Airはバッテリーは取り外せない。

そこで、外部電源を購入することにした。

で、これがそのHyperMac。

MBP-060の方が持ち歩きには良さそうだが、さすがに毎日持ち歩く訳ではなく、学会や講義の時だけになると思うので値段と容量のバランスを取ってMBP-100にした。

MacBook Airなら16時間保つそうだ。

8月30日に注文して９月３日にカリフォルニアから東京まで届くのも驚きだが、FedExの荷物を佐川急便がもって来た方がびっくりした。

ロイホ

昔々、学生だったときはガストが標準だったのでロイホはちょっと高級だった。

いつのまにやらロイホにも行かなくなってしまったが、ソネブロでわんこオッケーのロイホを知った。

天気もいいし、ちょっと足を伸ばしていってみた。

もんもには残念ながらわんこ用のごはんがあるわけではない。

　ちびはにぃもおもちゃをもらって大喜び。

午前中遊びすぎたせいで眠くなってしまい、あんまりたべなかったが。

そんないちにち

David Gordon

相変わらず次世代には苦戦中だが目星はついてきた。

次世代シーケンサーの結果をテキストではなく通常のキャピラリーシーケンサーと同様にGUIで見たいと思った。

理由としては原因遺伝子を探すときに患者さんのデータをきっちり自分の目で見て確認してきたからだ。プログラムでざっくりという気持ちにはまだなれない。

そこで10年来慣れ親しんだConsedで見れるようにしようと思った。

ポスドクとして今のラボに来たときの最初の仕事がphred/phrap/Consedを立ち上げることだった。

一応コンピュータも多少は使えるということで採用されたが、Unixに触わったことはほとんどなく、何も知識がないも同然だった。

それでもなんとかインストールし、Read meを眺めつつ、最初に画面が出てきたときは正直ほっとした。

それからゲノム計画中はそれこそ一日12時間くらいConsedの画面と向き合い、今でも使い続けている。

Consedを作ったDavid GordonとCold Spring Harborで会ったのはかれこれ6, 7年前で、その時に「毎日使ってます」と言ったらすごく喜んでくれた。

次の年も会ったので挨拶すると「毎日使ってる人だね」と覚えていてくれた。

今回次世代を使うようになって久々にアップデートし続けているConsedをじっくり見るときっちり次世代にまで対応してきている。

使ってみると実にかゆいところにまで手が届くような仕様になっている。

変異の同定にも昔の機能を改変することで対応している。

ただ、GUIでうごくため相当無理もしているし、僕のかなり早いマシンでも立ち上がるまではもっさりしているし、大量の処理が必要なボタンを押してしまうとハングアップに近い状態になる。

それでも長年見続けていて慣れ親しんでいるConsedで次世代のデータが見れるのは安心感がある。

徐々にそれぞれのソフトの癖もつかんできたし、おそらくConsedをヒトのリシーケンシングに使い続けることはないだろうけど、それでもキャピラリーから次世代の感覚へ移らせてくれたのはCosedのおかげだ。

今回次世代で使うときに久々にDavid Gordonに写真とともにメールを送ったら、すぐに思い出してくれ、質問にも答えてくれた。

今後の改良も約束してくれた。

また、会える日が来るだろうかしら。

脳症３２：あるく

あるいた

２月２０日：回復期（第２７６病日）

　
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ちょいと記事は遅れたが年末から手をつなぐと歩けるようになり、立たせてあげるとヨタヨタ５歩くらいは歩くようになった。

１月半ばに入って突然５歩が20歩になり、いつしか自分で立ち上がって歩くようになった。

「二相性けいれんと遅発性拡散能低下を呈する急性脳症」の場合、運動機能へのダメージは少ないとは言え、ちびはにぃの場合は右側の麻痺もあることから覚悟はしてた。

それが今では家に帰ると玄関に　のったら　のったら　お迎えにきてくれる。

手にモノをもって歩くのもお茶の子さいさい。

ペットボトルさえ運んでくれる。

まだ、しゃべらないがこちらの言ってる事はわかるらしく、キャラメルコーンが　ほしくて　いいお返事。

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いつもは食べるときは座らせているのだが、今日は特別。