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次世代シーケンサーデータ解析 short read micro re-aligner [げのむ]

次世代シーケンサーのデータをConsedで扱うのに奮闘していたのが去年の秋

もうすぐ1年経つのだな

NGS.jpg


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David Gordon [げのむ]

相変わらず次世代には苦戦中だが目星はついてきた。

phiX.jpg

次世代シーケンサーの結果をテキストではなく通常のキャピラリーシーケンサーと同様にGUIで見たいと思った。

理由としては原因遺伝子を探すときに患者さんのデータをきっちり自分の目で見て確認してきたからだ。プログラムでざっくりという気持ちにはまだなれない。

そこで10年来慣れ親しんだConsedで見れるようにしようと思った。


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次世代シーケンサー vs 第3世代シーケンサー [げのむ]

イルミナすげぇ

 昨年末にComplete Genomics 社の第3世代シーケンサーを用いた論文がScienceにでてすぐにメールで問い合わせをした。

 2010年初頭から200万で解析を含めて外注をうけると言う話を聞いたとき、全ゲノム解析は今後Complete Genomics 社で、イルミナのGenome AnalyzerはWhole Exome用かしらと思っていたが、突如すごいのを出してきた。

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次世代シーケンサー [げのむ]

かれこれ何年か前までは「ゲノムやってます」と言えたのだが、ここ数年は本流のゲノムからはなれていた。

ただ、講義で「最新のゲノム解析とは」とか話す必要があるので最低限の基礎知識はもっていたが、ここに来て手元に次世代シーケンサーのデータが集まり始め、本腰を入れて勉強する必要がでてきた。


いままではせいぜい一日1000配列を処理すればよかったのが、次世代だと2000万とか、下手すると億の単位で配列が出てくる。






頭の切り替えが必要なり。


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